APBSで静電ポテンシャル計算

2. PDB2PQRのサイトで, PDBをPQRに変換する.
Availabilityの項目にあるリンクからたどって, PDBファイルをアップロードする.
その他オプションを設定する必要あり.
・使う力場パラメータ.
・outputは"Internal naming scheme"で.
・"Create an APBS input file"にチェックいれるとのちのち便利.

3. しばらく待っていたら, pqr, in, typemap.htmlファイルなど (オプションによって変わる) のリンクが表示されるので, ダウンロードする.

4. コマンド端末で起動する場合,
$ apbs *.in
でOK.
オプション等はUser's guide参照.

コマンド端末で操作して、dxファイルを取得した方が、のちのち便利なことに気づいた！
dxファイルをPDBといっしょにPyMOLで開けば、下記５と同様の操作ができる上に、いろいろ融通が利く。

5. PyMOLプラグインを使う場合,
・ツールバーのPlugin > APBS Tools...があるか確認. 表示がない場合は別途用意する. ダウンロードサイト)
・PDBを開く.
・Plugin > APBS Tools...
・Mainタブで, "Use another PQR"にチェックして, 先ほど用意したPQRファイルを選択.
＊PyMOLに任せるとたいがいエラーが出ます.
・Configurationタブで"Set grid"をクリック. 最小限の大きさになるので, 変更したいなら数値を入力する.
・他のパラメータも適宜変更. イオン強度はMで指定.
・APBS Locationは多分デフォルトで設定されていると思うが, 違っている場合は再設定.
・"Run APBS"でスタート. エラーが出ないか端末のメッセージを見ておいた方がよい.
・計算が終わったら (意外とすぐ終わる), Visualizationタブの"Update"をクリック. Show, Hideで静電ポテンシャルで色分けされたのが表示, 非表示.
なんかこんなの↓




今後の予定：VMDでもできるっぽいので, やってみる.